時間來到了照人救出菊花的三年後。由於失去了作為主CPU的王，新京都成為了崩壞了的城市。失去了牌組的菊花也被被稱為KUGE的王的手下追捕。故事將以逃亡中的菊花和想要再見到照人的日和的相遇為起點展開。