在一個非常平凡的小鎮，人們過着平靜而充實的生活。但他們不知道那其實是虛假的和平。 不為人知的真相是——地球已經滅亡了！ 遭受來自宇宙的神秘外星人的攻擊，導致99.9%的人類死亡。而這敵人被命名為「Dractor」。 不久，地球上出現了一個巨大的洞穴，形成了適合外星人居住的環境。人類只能為了逃過其雙眼，隱居在避難所，一邊等待着不知何時來臨的復活之日。 シェルターイクシア的居民們，被抹殺了滅世的記憶，什麼都不知道地過着普通的生活。但是，其中一部分「被選中者」，成為機師駕駛着被稱為「ローグ」的巨大機器人與外星人戰鬥。 然後，今天又要選出新的機師……