本作以哈薩維為主角，採取三部曲的形式，講述「逆襲的夏亞」之後的故事。自第二次新吉翁戰爭結束了的12後的U.C.105年，因地球聯邦政府的腐敗和地球環境污染的加速，在強制平民前往宇宙的同時，也開始實施非人道的政策「人類狩獵」。在這種局面下，在繼承了阿姆羅·雷和夏亞·阿茲納布爾兩人的思想，成為了為了內心的意志和道路而不斷奮鬥前行的戰士哈薩維，卻與聯邦軍上校凱奈斯·斯雷克和謎之少女琪琪·安達露西婭相遇了，而這也是改變他們命運的相遇。