以由名為Sphere的系統管理日常生活的世界為舞台，講述主人公們與威脅著系統的Siglos戰鬥的故事。主人公和泉朔也本來是一名普通的高中生，因為經常上課遲到而被同學一之宮琴音說教。由於父母雙亡，他從上高中起，就和義妹和泉燈花過著同居生活。這時的他還不知道，支持著人們生活的Sphere系統正在面臨著巨大的威脅，而且能夠拯救世界的人正是自己。在被帶到Siglos對策局之後，和泉朔也被告知Sphere系統一直都遭受著來自Siglos的威脅。在Sphere內部世界對抗Siglos的正是琴音和燈花。