200X年6月，為了幫忙消除厄瓜多爾的爭亂，依據日本國與美國新訂定的《日美防衛綱領》，日本海上自衛隊的一艘神盾驅逐艦「未來號」（艦號為DDH-182）在副艦長兼船務長（艦務長）角松洋介的帶領下從海上自衛隊橫須賀基地出航，預計於夏威夷與美國海軍艦隊會合之後前往厄瓜多爾，以海上自衛隊與美國海軍聯合軍事演習的名義執行護衛日本僑民的任務。未來號航行第四天，來到了二次大戰重地的中途島，卻意外發現回到了過去…。（有的版本稱「未來」號為巡洋艦，其實按照英文簡稱DDG來看，本艦應為直升機驅逐艦，動漫中也強調該艦有擊沉核潛艇的能力）