故事發生在模塊V事件的多年後，在生命金屬被發掘之後，生命金屬開始在世人之間流傳開來。 而獵人們其中包括遺蹟獵人和非法獵人在遺蹟中漫遊，尋找失落的技術，而在那裡，有着被稱為非正規品的野生機器。 而政府「軍團」則是一個監察和控制世界的所有事物聯合政府阻止，並以「三賢者」作為政府「軍團」的統治者。 三賢者中的三個人物分別是：托馬斯大師、阿爾伯特大師和米哈伊爾大師。 然而，名為非法獵人的非法集團在某一個未知的遺蹟中發現了疑似生命金屬的物質。 就在這個時候，有兩個經歷完全不同，但同樣沒有過去的記憶的少年少女登場了。 其中，思考型機器人少年由於遭到了冬眠洗腦，而失去了記憶。 而人類少女呢，在年幼時期遭到了非正規品的襲擊，而失去了一切，對自己的身世沒有任何的印象。 思考型機器人少年和人類少女為探究自己的身世，搭上了前往政府「軍團」的列車，遭遇了同樣失去記憶的生命金屬模塊A。