於「九校戰」「幕後」發生的「寄生人偶」事件中，幕後黑手之一的周公瑾離開橫濱，遁走京都，在以此為中心的古式魔法師集團「傳統派」處潛伏了起來，銷聲匿跡。 　　之後過了兩個月—— 　　又到了「全國高中生魔法學論文競賽」的時節。一高的學生們為了準備舉辦於新京都國際會場的日本魔法協會主辦「論文競賽」而忙碌。就在此時，攜帶四葉真夜書信的黑羽姐弟造訪了達也。信的內容是關於「希望協助抓捕周公瑾」的請求。 　　儘管抱著為何不是平時的「命令」而是「委託」的疑問，但達也和深雪還是前往了處在「傳統派」對抗勢力中心的九島家。在那裡，兩人和「被製造出來的天才魔法師」實現了命運的相遇…… 　　以古都為舞台的謀略與暗鬥。面對魔法師開發歷史陰暗面蔓延至今的恩怨，達也、深雪及其夥伴們將發起挑戰。