這次遊戲的男主角不再是系列前幾作的主人公索拉，而是在《王國之心2》中登場，與索拉有著密切關系的羅克薩斯。本作的故事發生在初代《王國之心》(KH1)和《王國之心2》(KH2)之間，在時間跨度上來說包含了掌機上的前作《王國之心 記憶之鏈》(KHCoM)的時間範圍，可以看作是同時發生的另一個地方的故事。<br> 羅克薩斯誕生於KH1的後期，誕生之後的他被13機關的首領——機關1號傑姆那斯給予了新的名字並帶進機關，交由機關8號阿克塞爾帶領。進入機關之後的洛克薩斯跟隨前輩們完成了很多任務，在阿克塞爾的培養下，他逐漸成長了起來，也變得越來越有機關成員的風範了。<br> 有一天，又一名新成員加入了，在以往的作品中都未曾提及的，機關第14號·希恩……