作為忍者的後裔被祖父撫養長大，擁有和動物說話能力的高中生我妻二郎，他因與眾不同而被他人疏遠，卻在動物中找到了慰藉，並致力於保護它們。 有一天，在森林中遇到了受傷倒地的黑貓，然而黑貓實際上是傳說中的怪物。這隻黑貓名為羅睺，其真實身份竟是曾被稱為「黑色凶星」的傳說級怪物。 因某種契機二郎與黑貓融合在一起。企圖利用羅睺強大力量的怪物「暗影」悄然逼近…… 與此同時，負責監視與清除怪物的國家秘密組織「公儀隱密局」也介入其中。 在各方勢力圍繞羅睺之力展開激烈角逐的漩渦中，二郎與羅睺所展現的「覺悟」究竟是—— 由怪物與少年相遇開啟的「忍」之戰，此刻正式拉開帷幕。 此後，我妻弐郎加入負責對付物怪的特別機動隱密部新部隊「暗黑燈火」，但與新隊員桐原零司因理念不合產生矛盾。首次任務前往曾封印羅睺的地下設施，在對抗訓練中，弐郎與羅睺通過幻覺知曉了物怪「天鬼」在江戶時代因被羅睺拒絕聯手而將其封印的過往恩怨。為救弐郎，羅睺假意服從天鬼並離開弐郎身體，卻將力量全數留給了他。最終，弐郎為拯救羅睺，在組織的支援下與天鬼展開最終對決。