「假如我變成壞人的話，學長就不會原諒我了吧？」 少年想要守護少女，僅此而已的故事。 魔術師〈Master〉和英靈〈Servant〉，圍繞着能夠實現所有願望的許願機「聖杯」而戰鬥——在「聖杯戰爭」發生的十年後，冬木市又一次掀起了戰爭。 前代「聖杯戰爭」的參加者衛宮切嗣的養子·衛宮士郎繼承了遺志，終於下定決心參戰。 士郎的身邊，陪伴着仰慕他的少女——間桐櫻。她每天早晨晚上都來到衛宮家，為他打掃房間和製作料理，孑然一身的她和士郎度過了平穩而又溫情的日常。 但是隨着戰爭的開始，冬木市街道上到處發生着殺人事件，險惡的空氣開始流動。所以士郎決定讓櫻留宿在自己家裡。 士郎召喚出從者·Saber的同時，和身為正統魔術師的遠坂凜結盟面對「聖杯戰爭」。但是，這場戰爭由於某些人的暗中策劃而發出不和諧音，開始變得扭曲了。